Un miliardo e mezzo di anni fa compaiono le prime cellule eucariote.
Il passaggio dai procarioti agli eucarioti sarebbe avvenuto in ambiente acquoso ed aerobico. La teoria più accreditata è quella dell’endosimbiosi . Questa teoria ha una madre americana Lynn Margulis 1980, e un padre russo Konstantín Merezhkovski 1905.
Prima fagocitosi: eucariote animale
è la comparsa degli eucarioti animali:

L’eucariote animale sarebbe comparso attraverso una prima fagocitosi di un batterio anaerobio con un batterio aerobio. I due batteri vivono assieme in simbiosi: il batterio aerobio diventa il mitocondrio della nuova cellula.
Indizio importante che le cose siano veramente andate così, è la presenza di DNA batterico nel mitocondrio attuale: è un doppio-filamento circolare di DNA chiamato mtDNA.
Il DNA mitocondriale è quasi totalmente materno.
Il DNA mitocondriale attraverso dei ribosomi mitocondriali produce proteine indispensabili per la respirazione cellulare.
Seconda fagocitosi: eucariote vegetale
è la comparsa degli eucarioti vegetali

La secondo fagocitosi ha coinvolto una cellula eucariota animale (ameba) con un cianobatterio che si evolve in cloroplasto, si instaura un ulteriore rapporto simbiotico responsabile della fotosintesi clorofilliana.
Anche nei cloroplasti come nei mitocondri è presente del DNA.
Da questa seconda simbiosi nasce l’eucariota vegetale con la capacità di fotosintesi.
Albero evolutivo degli eucarioti

Eucarioti unicellulari oggi: i protisti
Gli Eucarioti unicellulari oggi sono i protisti, si tratta di alcune alghe non verdi, rosse e brune, i dinoflagellati e le diatomee.
Ci sono poi protozoi cigliati e flagellati: amebe, sporozoi, foraminiferi.
Poi i funghi mucillaginosi.